Τα Μεταπτυχιακά Προγράμματα που λειτουργούν στο Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών είναι τρία.

• Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με γνωστικό αντικείμενο
  "Νέα Υλικά και Τεχνολογίες στο Σχεδιασμό Έργων από Οπλισμένο Σκυρόδεμα",
  που ανήκει στον Τομέα Δομικών Κατασκευών και έχει υπεύθυνο προγράμματος τον επίκουρο Kαθηγητή κ. Κ. Χαλιορή.
• Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με γνωστικό αντικείμενο
  Υδραυλική Μηχανική,
  που ανήκει στον Τομέα Υδραυλικών Έργων και έχει υπεύθυνο προγράμματος τον Αναπλ. Kαθηγητή κ. Βλάσιο Χρυσάνθου.
  
• Το Νέο Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με γνωστικό αντικείμενο
  Οργάνωση και Διοίκηση Τεχνικών Συστημάτων